Чтобы переименовать название проекта в Android Studio открываем проект и нажимаем на Show Options Menu (шестеренка) и снимаем галочку с Compact Middle Packages. Таким образом разбиваем названия через точку на отдельные каталоги. Например, com.domain.application разбивается на каталог com в котором каталог domain и далее каталог application. По сути получается наименование сайта, только наоборот.
Затем выбираем каталог для переименования и правой клавишей мыши открываем Refactor->Rename
Появится окно предупреждения, жмем Rename Package
Указываем новое название каталога
Далее снизу жмем Do Refactor
После того, как переименовали файлы, возможно где-то в файлах остались старые названия приложения, например, com.domain.application. В Android Studio нажимаем комбинаций клавиш для поиска ctrl+shift+F. Отобразятся файлы, например, BuildConfig.java, Activity.java, Build.Gradle и другие, в которых есть старые названия, заменяем их на новые.
3907